Modultitel

  • Angewandte Bioinformatik

Modultitel (Englisch)

  • Applied Bioinformatics

Lehrveranstaltungen des Moduls

  • Angewandte Bioinformatik (Vorlesung und Übungen)
  • Bioinformatische Anwendungen in der Genomforschung (Praktikum)

Lehrinhalte

In diesem Modul werden praktische Anwendungen und Problemstellungen beim Einsatz bioinformatischer Techniken in der Genomforschung behandelt. Das Modul basiert auf den praktischen Erfahrungen der in Bielefeld durchgeführten Genom- und Postgenomprojekte. Die folgenden Bereiche sollen abgedeckt werden: Datenformate der Bioinformatik, Sequenzerstellung/Genomassemblierung, Genvorhersage (besonders Prokaryoten mit einem Seitenblick auf Eukaryoten), Genomannotation (hier besonders verfügbare Werkzeuge und Datenbanken), Speicherung und Analyse von Expressionsdaten, DNA-Microarrays und Massenspektren, komparative Genomanalyse.

Kompetenzen

In Ergänzung zu den theoretischen Kenntnissen sollen die Studierenden die praktische Anwendung der bioinformatischen Methoden der Genomforschung kennenlernen. Neben der Kenntnis der Softwarewerkzeuge und Datensammlungen und ihres jeweiligen Einsatzbereiches und der Fähigkeit entsprechende automatisierte Pipelines zu erstellen, soll auch die Qualitätsabschätzung der gewonnenen Ergebnisse behandelt werden. Im Praktikum werden Pipelines für beispielhafte Probleme aus realen Genomprojekten durch die Studierenden erstellt und gemeinsam bewertet.

Anzahl Einzelleistungen (benotet und unbenotet)

eine benotete und eine unbenotete Einzelleistung

Prüfungsformen

  • benotete mündliche Prüfung über die Inhalte der Vorlesung
  • selbständige Bearbeitung von Praktikumsaufgaben

Voraussetzungen für die Vergabe von Leistungspunkten

Bestehen der mündlichen Prüfung ergibt 5 LP
Erfolgreiche Teilnahme am Praktikum ergibt 5 LP

Arbeitsaufwand und Leistungspunkte

Angewandte Bioinformatik:
Vorlesung
Nachbereitung der Vorlesung
Übungen
Vorbereitung der Übungen
Vorbereitung auf die mündliche Prüfung
gesamt: 150h = 5 LP
 2 SWS x 16 Wochen
1h/Woche x 16 Wochen
2 SWS x 16 Wochen
1h/Woche x 16 Wochen

 = 30h
= 15h
= 30h
= 15h
= 60h

Bioinformatische Anwendungen in
der Genomforschung (Block,
4 Wochen x 4 Tage):
Praktikum
Vorbereitung des Praktikums
Nachbereitung des Praktikums
gesamt: 150h = 5 LP

16Tage x 7h
16Tage x 0,5h
16Tage x 1,5h

= 110h
= 10h
= 30h

Leistungspunkte für das Modul: 10 LP

Teilnahmevoraussetzungen und Vorkenntnisse

keine

Modultyp und Verwendbarkeit

Technische Fakultät:
Wahlpflichtmodul für die Masterstudiengänge

  • Bioinformatik und Genomforschung (WP Bioinformatik und Genomforschung), 2. Semester
  • Naturwissenschaftliche Informatik (WP Vertiefung Informatik), 2. Semester
  • Molekulare Biotechnologie (Spezialisierung Biologie/Bioinformatik/Genomforschung), 2. Semestesr

Fakultät für Biologie:
Pflichtmodul im Masterstudiengang

  • Genombasierte Systembiologie, 2. Semester

Das Praktikum „Bioinformatische Anwendungen in der Genomforschung“ ist auch Bestandteil des Moduls „Algorithmen in der Genomforschung“. Aus diesem Grund kann nur eins der beiden Module angerechnet werden.

Dauer des Moduls / Angebotsturnus

Sommersemester: Angewandte Bioinformatik
Sommersemester: Bioinformatische Anwendungen in der Genomforschung
jährlich